Noch während seiner Affaire mit „Clarinda“ war Jean zum zweiten Male schwanger – wieder mit Zwillingen. Im März 1788 kamen sie zur Welt, jedoch starb ein Kind sofort bei der Geburt, das andere zwölf Tage später. In der Zwischenzeit war Burns wieder in Edinburgh, um finanzielle Geschäfte mit seinem Publizierer William Creech zu regeln und um „Clarinda“ zu besuchen. Am 2. Mai heiratete er Jean in einer zivilen Zeremonie in Hamilton's Amtsräumen. Seine Gefühle für Jean waren jedoch zwiegespalten. Einerseits war er wohl genervt von ihr, wie das in einigen seiner Briefe zwischen den Zeilen stand, andererseits versicherte er auf Nachfrage hin immer wieder, dass er Jean von Herzen liebe und sie mit Stolz seine Ehefrau nennen dürfe.

Im selben Jahr pachtete Burns Ellisland Farm und zog mit Frau und Kindern dorhin, nachdem 1789 das Bauernhaus errichtet worden war. Er war nun ein gemachter Mann, ein gefeierter Star in Edinburgh und ganz Schottland, erwarb jedoch den Großteil seines Lebensunterhalts als Steuereintreiber. Allerdings ließ seine Gesundheit zu wünschen übrig. Der Stress der letzten Jahre hinterließ seine Spuren sowohl in psychischer als auch in physischer Weise.

Im August 1789 bekam die Familie weiteren Zuwachs, Francis Wallace. Der Junge starb jedoch mit 14 Jahren. 1791 gebar das Barmädchen Helen Anne Park eine Tochter, Elizabeth, die Burns gezeugt hatte. Eine weitere Affaire in Burns Lebenslauf. Nur zehn Tage später gebar Jean einen weiteren Sohn, William Nicol Burns und zog mit ihm zusammen die Tochter von Miss Park auf. Eine weitere Tochter, Elizabeth Riddel Burns, wurde 1792 geboren, starb jedoch drei Jahre später.

Mit seinem Nachbarn, den Antiquariat Captain Robert Riddell gründete Burns die Monkland Friendly Society und bauten deren Bibliothek auf. Nach einem unglücklichen Zwischenfall nach einem Abendessen im Friars Carse, zerbrach die Freundschaft zwischen Burns und den Riddells. Die Männer diskutierten über den Raub der Sabinerinnen und regten an, diese Szene nachzustellen. Als die Frauen zu der Diskussionsrunde hinzugestoßen waren, war Burns der einzige der sich an der Szene beteiligte und eine total verängstigte Maria Riddell „entführte“. Dies führte zu Unmut und zum Verlust der Freundschaft der Riddells.

1790 erkannte Burns, dass der Kauf von Ellisland ein schlechter Handel war. Die Farm am Laufen zu halten machte ihn psychisch und physisch kaputt. 1791 gab er die Farm zurück und zog mit seiner Familie nach Dumfries, zunächst in eine Wohnung, später dann in ein Haus in der Mill Hole Brae (die jetzt Burns Street heißt).

Die folgenden Jahre war er hauptsächlich mit seinem Hauptjob als Steuereintreiber beschäftigt und arbeitete sich hoch bis zum Vorgesetzten.

1795 verschlechterte sich Burns Gesundheit radikal. Der Tod seiner Tochter Elizabeth Riddell Burns im September vertiefte seine Depressionen und im Winter bekam er rheumatisches Fieber. Eine leichte Erholung im Frühling 1796 ermöglichte ihm, die Arbeit an einigen Liedern fortzusetzen. Im Sommer jedoch verschlechterte sich seine Kondition wieder und er wurde von Jean und Jessie Lewars gepflegt. Auf Anraten seines Arztes hin verbrachte er im Juli ein paar Tage in Brow, einem Kurort, wo er das dortige Heilwasser trank und im Fjord badete.

Am 21. Juli 1796 starb Burns. Vier Tage später brachte Jean seinen letzten Sohn, Maxwell, zur Welt, der jedoch noch vor seinem dritten Geburtstag starb. Am selben Tag wurde Burns Sarg durch die Straßen von Dumfries gezogen, gefolgt von seiner Familie und seinen Anhängern. Er wurde auf dem Friedhof der St. Michael's Kirche bestattet.

„Wer wird nun unser Poet sein?“, hörte man jedermann in den Straßen fragen. Burns ist einer der bekanntesten und meist übersetzten Poeten weltweit. Sein immenses Lebenswerk mit über 600 Gedichten und Liedern sowie mehr als 700 veröffentlichten Briefen ist beeindruckend und wohl kaum erreicht. Er war ein außergewöhnliches Genie in seinem Genre. Und in seinen Werken wird er ewig weiterleben.